Крепость очень сильно пострадала в ходе Великой Отечественной войны. В 1941—1943 гг. в течение 500 дней небольшой гарнизон из бойцов 1-й дивизии войск НКВД и моряков 409-й морской батареи Балтийского флота оборонял крепость от немецких войск, которым не удалось переправиться на правый берег Невы, замкнуть кольцо блокады Ленинграда и перерезать дорогу жизни. На территории крепости находится братская могила, в которой похоронены 24 советских воина, погибших при обороне. Героическим защитникам крепости посвящён мемориальный комплекс, открытый 9 мая 1985 года.